Découvertes par hasard le 10 mars 1535 par le dominicain Tomas de Berlanga, quatrième évêque de Panama, il a été prouvé que des Amérindiens sud-américains avaient déjà visité les Îles Galápagos bien avant leur découverte par les Espagnols.
Les Îles doivent leurs noms à Abraham Ortelius et Mercator, cartographes qui les baptisèrent "Insulae de los Galopegos" (Îles des tortues).
Annexée par L'Equateur le 12 février 1832, l'archipel accueillit un groupe de détenus afin de peupler l'île de Floreana et en octobre 1832 quelques artisans et agriculteurs se joignirent à eux.
En 1835, le bateau HMS Beagle commandé par le capitaine Robert FitzRoy arriva aux Galápagos le 15 septembre. L'expédition y fit une étude scientifique de géologie et de biologie sur quatre des treize îles. Il avait à son bord le jeune Charles Darwin, biologiste britannique, qui y étudia la diversité des espèces présentes. Le Beagle quitta les îles le 20 octobre pour continuer son expédition autour du globe. Darwin publia plus tard, à partir de ses observations, sa fameuse étude sur l'évolution et la sélection naturelle en 1859: L'Origine des espèces. Aujourd'hui, à Puerto Ayora, la plus grande ville de l'Archipel (située sur l'île Santa Cruz), se trouve un centre de recherche à son nom.
En 1959, 97 % des terres, soit 800 000 hectares, de l'archipel sont déclarés Parc National par le gouvernement de l'Équateur. Ce parc a été inscrit à la liste du patrimoine mondial de l'Unesco en 1978. En 1986, sept millions d'hectares additionnels ont été rajoutés pour créer une réserve marine.
Les Galápagos sont avant tout une réserve naturelle exceptionnelle. L'environnement des îles Galápagos demeure extrêmement protégé, en grande partie grâce aux règlements dont s'est doté le Parc National. Ces règlements ont été établis par le Parc National et ils sont appliqués par les gardiens du parc et les guides-biologistes de la fondation Charles Darwin.
La non-observation de ces conseils de base peut mettre sérieusement en péril l'équilibre fragile d'un des derniers havres de paix de notre planète. Les guides ayant autorités en la matière, ils peuvent infliger de lourdes amendes à toute personne se rendant coupable d'une infraction grave vis-à-vis de la nature. L'expulsion des îles peut même être envisagée.
Le 23 juin 2007, le Comité du patrimoine mondial de l'Unesco a inscrit les Îles Galápagos sur la Liste du patrimoine mondial en péril, en vue d'obtenir de l'aide pour leur préservation. Les Îles Galápagos sont en effet menacées par des espèces invasives et une immigration croissante.