L'île n'a été reconnue avec certitude que le 24 décembre 1774 par le bâtiment anglais "EUROPA" dont elle a pris le nom, en 1825, après qu'un cartographe l'eut désignée sous le nom du navire découvreur. Son rattachement à la France date du 6 août 1896 et l'acte officiel déclarant Europa possession française, du 31 octobre 1897.
A plusieurs reprises depuis la fin du 19ème siècle, Europa fut l'objet de tentatives de colonisation, toutes infructueuses et très peu documentées. Vers 1860, c'est un français dénommé de Rosiers qui vint s'y installer, en provenance de Tuléar. On ne sait rien de son activité, ni de la durée de sa présence mais les animaux domestiques qu'il avait emmenés retournèrent à l'état sauvage. Les quelques centaines de chèvres noires qui parcourent encore aujourd'hui l'île proviendraient ainsi de son cheptel.
D'autres essais d'implantation humaine eurent lieu au début du 20ème siècle, notamment dans l'espoir de cultiver le sisal et d'exploiter les tortues de mer. La présence d'une petite colonie est ainsi attestée en 1903 mais l'aventure prit fin par manque d'eau douce. Ceux qui tentèrent de quitter l'île en pirogue périrent noyés, les autres furent ramenés à Tuléar. Vers 1910, deux couples seychellois et trois employés malgaches vécurent quelques mois à Europa. 5 d'entre eux y perdirent la vie dans des circonstances tragiques. Leurs tombes sont présentes dans le petit cimetière d'Europa.
Il y aurait eu encore de nouveaux occupants dans l'île entre 1910 et 1923, mais à l'époque elle était aussi fréquentée par des pêcheurs qui chassaient les tortues imbriquées pour leurs écailles et leurs oeufs.
Il subsiste de ces diverses périodes d'exploitation quelques vestiges de constructions en pierre, au nord de l'île et une plantation de sisal, au coeur de la forêt d'euphorbes.
Après la seconde guerre mondiale, le développement des transports aériens et la nécessité d'un réseau mondial d'observation météorologique plus dense poussa la France à créer des stations sur les îles inhabitées qu'elle possédait, des Kerguelen aux îles Éparses, en affirmant du même coup une présence stratégique dans l'Océan Indien. Sur Europa, une station météorologique et une piste d'aviation furent construites en 1950. Un avion de l'armée française y atterrit pour la première fois le 18 novembre. Située en zone inondable, au sud de l'île, la piste fut déplacée au Nord-Ouest de l'île, après un défrichement dans la forêt d'euphorbes. Elle fut achevée en avril 1973. La même année, suite à la revendication territoriale sur les îles Éparses par le nouveau gouvernement en place à Madagascar, la France décida de renforcer sa présence militaire dans la zone et installa sur Europa (ainsi que sur les autres îles françaises du canal du Mozambique) un petit détachement militaire (15 hommes au total), dont la présence perdure encore aujourd'hui. La station météorologique, quant à elle, est maintenant automatisée.
La situation géographique d'Europa, sa faible superficie (20 km2) et un relief nul (6m max.) font que les biotopes terrestres sont peu variés et les espèces animales peu nombreuses. Cependant son lagon, sa mangrove, son platier récifal et son récif extérieur vierge de toute exaction humaine font d'Europa un véritable trésor sous-marin, d'une valeur inestimable aux yeux des scientifiques. Par arrêté du 18 novembre 1975, Europa est classée Réserve Naturelle intégrale.