Beaucoup de plongeurs sont d'accord sur ce point, Wolf et Darwin sont sans doute LE meilleur site de plongée sur la planète ! Situées au Nord de l'archipel, ces îles sont inaccessibles aux visiteurs terrestres. Elles ne sont donc pas sur les routes des bateaux de croisières naturalistes, mais doivent impérativement être incluses dans l'itinéraire d'une croisière plongée. Attention, les plongées dans cette zone sont souvent influencées par les courants marins. Aussi, suivez bien les instructions de votre guide et soyez vigilants, tout en profitant du spectacle. A Darwin, au pied de l'Arche, les eaux légèrement plus chaudes par rapport aux îles centrales de l'archipel attirent une faune pélagique impressionnante : bancs de requins-marteau et de requins-Galápagos, requins-baleine (de juin à novembre), thons à nageoires jaunes, raies-manta (mobula), dauphins, requins-soyeux. De temps à autre, requins-tigre, orques et marlins visitent également le site. A Wolf, plusieurs sites sont continuellement patrouillés par des bancs de requins-marteau et requins-Galápagos. Raies-aigle, raies dorés, dauphins, bancs de thons, raies léopard, barracudas, tortues, murènes et otaries font également partie du paysage.

Un très beau site de plongée de la côte Nord-Est d'Isabela qui s'adresse aux plongeurs sportifs en raison de courants qui peuvent être forts. On y aperçoit régulièrement les requins-marteau, pointe-blanche et Galápagos ainsi que plusieurs espèces de raies et d'anguilles.

La péninsule Nord-Est de cette île est un site populaire pour les amateurs de snorkeling et les plongeurs en raison de la proximité de la plage des lions de mer. Ces derniers, surtout les plus jeunes, viennent régulièrement à la rencontre des nageurs. La vie marine observée comporte les raies aigles, pastenagues, les requins pointe-blanche, des Galápagos et les tortues. Le site recommandé pour la plongée est situé du côté ouest de la péninsule, et descend à plus de 100 m.

Située au Nord de Bartolome, cette plongée sur tombant est très intéressante de par la grande variété d'espèces présentes. La visibilité est souvent correcte tout au long de l'année. On peut y observer des requins pointe-blanche, requins-marteau, des otaries en pleine chasse, des tortues marines au repos, un banc de raies-aigle ainsi qu'une foule de petites créatures parmi quelques coraux durs : hippocampes, antennaires, crabes bleus, poissons-faucon à long nez, nudibranches, ... Un festival pour les photographes, de jour comme de nuit.

Sans doute le site qui représente au mieux la très grande biodiversité de l'archipel : on peut y observer presque toutes les espèces répertoriées aux Galápagos, du plus petit gobie au requin-baleine. Thons, carangues, rougets, murènes, raies-aigle et pastenagues, poissons-coffre, poissons-ballon, poissons-papillon ou encore le poisson chauve-souris sont des résidents permanents de ce site.

Au Sud de Seymour Island à une profondeur maximum de 17 m, ce site est superbe de par sa grande population d'anguilles de jardin, de raies-pastenague, raies-léopard, carangues, mérous, rougets, chirurgiens. Une plongée poissonneuse comme on les aime.

Selon la force des courants, cette plongée peut être plus ou moins technique. La spécificité de ce site réside dans la présence d'une importante colonie de lions de mer. Une belle occasion d'observer leur dextérité sous l'eau et la motivation des plus jeunes à mordiller vos palmes pour vous convier à leurs jeux. On y aperçoit également des requins pointe-blanche ainsi que des bancs de raies-aigle.

A proximité de l'île de Santa Cruz, Les Gordon Rocks sont considérés comme étant l'un des meilleurs sites de plongée du groupe central de l'archipel, formé par l'érosion du vent et de la mer sur un vieux cône volcanique. Cette plongée est caractérisée par des descentes vertigineuses, des récifs peu profonds entre les roches et une région de sable au milieu du cône. Il peut y avoir de forts courants de surface. On retrouve plusieurs espèces de requins, des lions de mer, des anguilles, des tortues et plusieurs espèces de raies.