L'île Coco a été découverte par les marins au moins dès le début du XVIe siècle. Elle apparut la première fois sur une carte de Nicolas Desliens sous le nom de "Ysle de Coques" en 1541.

Les flibustiers et les pirates, qui sévissaient le long du Pacifique de l'Amérique espagnole, ont désigné l'île comme coffre-fort entre le XVIIe et le début du XIXe siècle. Les plus célèbres d'entre eux sont Bennett Graham, William Davis, Benito Bonito ou William Thompson. Ils choisirent cette île pour son bois et son eau potable. L'île fut alors surnommée l'île aux Trésors" car ils seraient nombreux à y avoir été enfouis. L'écrivain Robert Louis Stevenson s'en inspira d'ailleurs pour écrire son célèbre roman en 1881. Des chasseurs de trésors venus du monde entier y ont entrepris plus de 500 expéditions entre 1846 et 1997.

L'île a été classée Patrimoine Mondial de l'UNESCO en 1997 et les fouilles sont désormais interdites par le gouvernement du Costa Rica afin de ne pas dénaturer le site. Une aire marine protégée a été délimitée autour de l'île et classée à son tour par l'UNESCO en juin 2002.

Sa faune est originaire du continent américain central et des Galapagos. On y compte plus de 200 espèces de plantes, dont 15% sont endémiques. On peut y admirer des forêts enchanteresses composées d'arbres géants, de broméliacées, de fougères arborescentes, de palmiers et de vignes sauvages. Cependant, un tiers du territoire est interdit d'accès au public. On compte au moins 60 espèces d'animaux endémiques à l'île et la plupart sont en danger. Parmi ces animaux, des milliers d'oiseaux marins dont les plus fréquents sont des sternes fuligineuses et des sternes blanches ainsi que deux espèces de noddis.